Analiza funcțională a Rnas necodante lungi: Metode și protocoale

Titlul original:

Functional Analysis of Long Non-Coding Rnas: Methods and Protocols

Conținutul cărții:

1. Abordări bioinformatice pentru predicția funcțională a ARN-urilor necodificatoare lungi

Fayaz Seifuddin și Mehdi Pirooznia.

2. Vizualizarea modelelor de structură lncRNA și mRNA în cadrul Integrative Genomics Viewer

Steven Busan și Kevin M. Weeks.

3. Predicția potențialului de codificare a ARN utilizând modelul de regresie logistică fără aliniere

Ying Li și Liguo Wang.

4. Clasificarea ARN-urilor necodificatoare lungi prin conținutul K-mer

Jessime M. Kirk, Daniel Sprague și J. Mauro Calabrese.

5. Analiză computațională la nivelul întregului genom și validarea potențialelor triplexuri ADN-ADN-Mediate de ARN Necodificatori Lungi: ARN Triplex în genomul uman

Saakshi Jalali, Amrita Singh, Vinod Scaria și Souvik Maiti.

6. Utilizarea INFERNO pentru a deduce mecanismele moleculare care stau la baza asociațiilor genetice necodante

Alexandre Amlie-Wolf, Pavel P. Kuksa, Chien-Yueh Lee, Elisabeth Mlynarski, Yuk Yee Leung și Li-San Wang.

7. O conductă bioinformatică pentru integrarea seturilor de date GWAS și eQTL în vederea identificării ARN-urilor umane necodificatoare lungi relevante pentru boli

Yi Chen, Ping Li și Haiming Cao.

8. AnnoLnc: Un portal unic pentru a adnota sistematic noi ARN-uri umane lungi necodificatoare

De-Chang Yang, Lan Ke, Yang Ding și Ge Gao.

9. Adnotarea ARN-urilor necodificatoare lungi de lungime întreagă cu secvențierea cu citire lungă prin captare (CLS)

Silvia Carbonell Sala, Barbara Uszczyń.

Ska-Ratajczak, Julien Lagarde, Rory Johnson și Roderic Guigo.

10. Analiza pe o singură celulă a ARN-urilor necodificatoare lungi (lncRNA) în celulele creierului de șoarece

Boyang Zhang, Wentao Xu și James Eberwine.

11. Detectarea și caracterizarea ARN-urilor necodificatoare lungi asociate ribozomului

Chao Zeng și Michiaki Hamada.

12. Analysis of Annotated and Unannotated Long Non-Coding RNAs from Exosome Subtypes Using Next-Generation RNA Sequencing (Analiza ARN-urilor neinregistrate lungi și neinregistrate din subtipurile de exosomi utilizând secvențierea ARN de generație următoare)

Wittaya Suwakulsiri, Maoshan Chen, David W. Greening, Rong Xu și Richard J. Simpson.

13. DMS-MaPseq pentru testarea structurii ARN la nivel de genom sau direcționată in vitro și in vivo

Phillip Tomezsko, Harish Swaminathan și Silvi Rouskin.

14. Etichetarea și purificarea ARN-urilor exprimate temporal în timpul fazei S a ciclului celular în celule vii

Matthieu Meryet-Figuiere, Mohamad Moustafa Ali, Santhilal Subhash și Chandrasekhar Kanduri.

15. Un protocol rapid de imuno-FISH pentru detectarea ARN-urilor, proteinelor și modificărilor cromatinei

Akiyo Ogawa și Yuya Ogawa.

16. M(R)apping RNA-Protein Interactions

Jasmine Barra, Roberto Vendramin și Eleonora Leucci.