Degradarea proteinelor țintite: Metode și protocoale

Recenzii ale cititorilor

În prezent, nu există recenzii ale cititorilor. Evaluarea se bazează pe 2 voturi.

Titlul original:

Targeted Protein Degradation: Methods and Protocols

Conținutul cărții:

Partea I Metode de descoperire și caracterizare a liganzilor pentru ținte și/sau ligaze.

1. Interacțiuni proteice ligand folosind rezonanța plasmonică de suprafață.

Nichole O'Connell.

2. Detectarea de mare randament a legării ligand-proteină utilizând un test de deplasare termică celulară SplitLuc.

Tino W. Sanchez, Ashley Owens, Natalia J. Martinez, Eric Wallgren, Anton Simeonov și Mark J. Henderson.

3. Proteinele și partenerii lor de interacțiune: O introducere în metodele de predicție a locului de legare proteină-ligand cu accent pe FunFOLD3.

Danielle Allison Brackenridge și Liam James McGuffin.

4. Evaluarea liganzilor pentru ligazele ubiquitinice utilizând margele de afinitate.

Jennifer Dobrodziej, Hanqing Dong, Kurt Zimmermann și Christopher M. Hickey.

Partea II Abordări pentru studierea ligazei: Degrader: Complexe ternare țintă.

5. Caracteristici mecanistice și structurale ale complexelor ternare PROTAC.

Ryan Casement, Adam Bond, Conner Craigon și Alessio Ciulli.

6. Tehnologia MST și TRIC pentru studiul fiabil al legăturilor binare și ternare PROTAC în dezvoltarea medicamentelor.

Tanja Bortoschik, Andreas Zoephel, Klaus Rumpel, Alessio Ciulli și Charles Heffern.

7. Un test Pull-down in vitro al ligazei E3: PROTAC: Substrate Ternary Complex pentru a identifica PROTAC-uri eficiente.

Daniel P. Bondeson, Blake E. Smith și Alexandru D. Buhimschi.

8. Detectarea cinetică a E3: PROTAC: Complexe ternare țintă utilizând tehnologia NanoBRET în celule vii.

Sarah D. Mahan, Kristin M. Riching, Marjeta Urh și Danette L. Daniels.

Partea III Abordări și instrumente pentru înțelegerea ubiquitylation și degradarea proteasomală.

9. Inducerea ubiquitylării și a degradării proteinelor ca strategie de dezvoltare a medicamentelor.

Kamaldeep S. Dhami și XiaoDong Huang.

10. Versatilitatea metodologică a entităților de legare a ubiquitinei în tandem (TUBE) pentru înțelegerea poli-ubiquitinației și a diferitelor sale lanțuri.

Katie J. Sheets, Patrick H. Gross, Myra J. Zerr, și Dahmane Ouazia, și Karteek Kadimisetty.

11. Analiza globală bazată pe spectrometrie de masă a ubiquitinației proteinelor utilizând îmbogățirea anticorpilor remanenți K-e-GG.

Alissa J. Nelson, Yiying Zhu, Jian Min Ren și Matthew P. Stokes.

12. Determinarea capacității Proteasomal Unfolding.

De Christina M. Hurley și Daniel A. Kraut.

Partea IV Metode de evaluare a funcției de degradare a proteinelor.

13. Metode pentru evaluarea cantitativă a degradării proteinelor.

Radoslaw P. Nowak, Hong Yue, Emily Y. Park și Eric S. Fischer.

14. O metodă High Throughput pentru prioritizarea angajării țintei intracelulare PROTAC și a permeabilității celulare utilizând NanoBRET.

De James D. Vasta, Cesear R. Corona și Matthew B. Robers.

15. Profiling CELMoD Mediated Degradation of Cereblon Neosubstrates.

De Joel W. Thompson, Thomas Clayton, Gody Khambatta, Leslie A. Bateman, Christopher W. Carroll, Philip P. Chamberlain și Mary E. Matyskiela.

16. Profilarea proteomului global pentru a evalua schimbările în abundența proteinelor utilizând I.