Genomică în cloud: Utilizarea Docker, Gatk și Wdl în Terra

Recenzii ale cititorilor

Cartea oferă o introducere cuprinzătoare și accesibilă în genomica computațională, cu exerciții practice și o abordare pas cu pas. Deși este bine primită pentru conținutul și stilul său de predare, există plângeri cu privire la calitatea graficii și la accentul pus pe genomica umană, unii cititori sperând la actualizări datorită evoluției rapide a tehnologiei.

⬤ Introducere concisă în calcul și genomică
⬤ instrucțiuni pas cu pas pentru exerciții practice
⬤ stil de scriere plin de umor și captivant
⬤ referință cuprinzătoare a celor mai bune practici
⬤ util pentru utilizatorii GATK
⬤ accesibil pentru începători și cercetători experimentați
⬤ bine structurat pentru învățarea în grup.

⬤ Calitatea slabă a figurilor și a graficelor
⬤ o parte din conținut poate deveni învechită odată cu lansarea noilor tehnologii
⬤ accent limitat pe genomica non-umană
⬤ probleme cu calitatea imprimării în exemplarele fizice.

(pe baza a 8 recenzii ale cititorilor)

Titlul original:

Genomics in the Cloud: Using Docker, Gatk, and Wdl in Terra

Conținutul cărții:

Datele din domeniul genomicii sunt în plină expansiune. În doar câțiva ani, organizații precum National Institutes of Health (NIH) vor găzdui peste 50+ petabytes - sau peste 50 de milioane de gigabytes - de date genomice, iar acestea apelează la infrastructura cloud pentru a pune aceste date la dispoziția comunității de cercetare.

Cum se adaptează instrumentele și protocoalele de analiză pentru a accesa și analiza un asemenea volum de date în cloud? Cu ajutorul acestei cărți practice, cercetătorii vor învăța cum să lucreze cu algoritmi genomici folosind instrumente open source, inclusiv Genome Analysis Toolkit (GATK), Docker, WDL și Terra. Geraldine Van der Auwera, custodele de lungă durată al comunității de utilizatori GATK, și Brian O'Connor de la Institutul de Genomică UC Santa Cruz, vă ghidează în acest proces.

Veți învăța lucrând cu date reale și algoritmi de genomică de pe teren. Această carte acoperă: Fundamentele esențiale ale genomicii și ale tehnologiei de calcul Operațiuni de bază în cloud computing Noțiuni de bază pentru început cu GATK, plus trei conducte majore GATK Best Practices Automatizarea analizei cu fluxuri de lucru scriptate utilizând WDL și Cromwell Extinderea execuției fluxurilor de lucru în cloud, inclusiv paralelizarea și optimizarea costurilor Analiza interactivă în cloud utilizând caiete Jupyter Colaborare sigură și reproductibilitate computațională utilizând Terra