High-Throughput Next Generation Sequencing: Metode și aplicații

Titlul original:

High-Throughput Next Generation Sequencing: Methods and Applications

Conținutul cărții:

Partea I: Secvențierea genomului

1. Secvențierea cu o singură moleculă Helicos a genomului bacterian

Kathleen E. Steinmann, Christopher E. Hart, John F. Thompson și Patrice M. Milos.

2.Secvențierea întregului genom al unei bacterii neculturabile utilizând amplificarea întregului genom

Yuichi Hongoh și Atsushi Toyoda

Partea II: Analiza expresiei genelor

3.Secvențierea și cuantificarea ARN utilizând sistemul de analiză genetică Helicos

Tal Raz, Marie Causey, Daniel R. Jones, Alix Kieu, Stan Letovsky, Doron Lipson, Edward Thayer, John F. Thompson și Patrice M. Milos.

4. Profilarea transcriptomului utilizând secvențierea directă a ARN cu o singură moleculă

Fatih Ozsolak și Patrice M. Milos.

5. Descoperirea sRNA-urilor bacteriene prin secvențiere de mare capacitate

Jane M. Liu și Andrew Camilli.

6. Identificarea microARN-urilor care codifică virusuri utilizând platforma de secvențiere 454 FLX

Byung-Whi Kong

7. Epuizarea ARN ribosomal pentru aplicații masive paralele de secvențiere a ARN bacterian

Zhoutao Chen și Xiaoping Duan.

Partea III: Diversitatea microbiană

8. Integrarea pirosechenizării de mare randament și a PCR cantitative în timp real pentru a analiza comunitățile microbiene complexe

Husen Zhang, Prathap Parameswaran, Jonathan Badalamenti, Bruce E. Rittmann și Rosa Krajmalnik-Brown.

9. Pyrosequencing cu amplicon FLX codificat prin etichetă pentru elucidarea diversității genice microbiene și funcționale în orice mediu

Yan Sun, Randall D. Wolcott și Scot E. Dowd.

10. Pirosecvențierea ampliconilor Chaperonin-60 ( cpn60 ) ca mijloc de determinare a compoziției comunității microbiene

John Schellenberg, Matthew G. Links, Janet E. Hill, Sean M. Hemmingsen, Geoffrey A. Peters și Tim J. Dumonceaux.

11. Prescreeningul populațiilor microbiene pentru evaluarea potențialului de secvențiere

Irene B. Hanning și Steven C. Ricke.

Partea IV: Metagenomică

12. Metagenomică

Jack A Gilbert, Bonnie Laverock, Ben Temperton, Simon Thomas, Martin Muhling și Margaret Hughes.

13. Analiza metagenomică a microbiomilor intestinali la pui

Taejoong Kim și Egbert Mundt.

14. Profilul expresiei genelor: metatranscriptomică

Jack A. Gilbert și Margaret Hughes.

Partea V: Profilul secvențelor pentru analiza funcțională

15. Urmărirea inserțiilor de mare capacitate prin secvențiere profundă pentru analiza patogenilor bacterieni

Sandy M. S. Wong, Jeffrey D. Gawronski, David Lapointe și Brian J. Akerley.

16.Determinarea profilurilor de metilare a ADN-ului cu ajutorul secvențierii

Suhua Feng, Liudmilla Rubbi, Steven E. Jacobsen și Matteo Pellegrini.

Partea VI: Pregătirea bibliotecii de secvențiere

17. Pregătirea bibliotecilor de secvențiere de generație următoare utilizând tehnologia Nextera(TM): Fragmentarea simultană a ADN-ului și marcarea adaptorului prin transpoziție in vitro

Nicholas Caruccio.

18. Pregătirea bibliotecilor fără amplificare pentru secvențierea Illumina cu capăt împerecheat

Iwanka Kozarewa și Daniel J. Turner.

19. Îmbogățirea țintelor prin amplificarea țintelor universale ligate cu Hairpin pentru analiza de secvențiere de generație următoare

Pallavi Singh, Rajesh Nayak și Young Min Kwon.