Înțelegerea simulării moleculare - de la algoritmi la aplicații (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Recenzii ale cititorilor

Cartea este apreciată pentru explicațiile sale clare privind metodele de simulare moleculară, ceea ce o face o alegere populară pentru studenți și cercetători deopotrivă. Este deosebit de utilă pentru începători și acoperă atât tehnicile Monte Carlo (MC), cât și cele de dinamică moleculară (MD). Cu toate acestea, unii cititori au găsit probleme cu calitatea versiunii e-book, dependența de practici de programare învechite, cum ar fi Fortran, și un accent pe algoritmi, mai degrabă decât pe exemple practice de codificare.

Explicații clare ale conceptelor de simulare moleculară, bună pentru începători, algoritmi utili, acoperire detaliată a metodelor MC și MD, recomandată de consilieri, versiune tipărită de înaltă calitate.

Versiunea e-book suferă de o calitate slabă, cu text și simboluri lipsă, se concentrează pe codul Fortran învechit, unele conținuturi par a fi copiate din alte texte clasice, îi lipsesc tehnicile MD avansate, ar putea să nu servească bine utilizatorilor avansați.

(pe baza a 23 recenzii ale cititorilor)

Titlul original:

Understanding Molecular Simulation - From Algorithms to Applications (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Conținutul cărții:

Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications explică fizica din spatele "rețetelor" simulării moleculare pentru știința materialelor. Simulatorii pe calculator se confruntă în permanență cu întrebări privind alegerea unei anumite tehnici pentru o anumită aplicație. Există o mare varietate de instrumente, astfel încât alegerea tehnicii necesită o bună înțelegere a principiilor de bază. Mai important, o astfel de înțelegere poate îmbunătăți considerabil eficiența unui program de simulare. Implementarea metodelor de simulare este ilustrată în pseudocoduri și utilizarea lor practică în studiile de caz utilizate în text.

De la prima ediție de acum doar cinci ani, lumea simulării s-a schimbat semnificativ - tehnicile actuale s-au maturizat și au apărut altele noi. Această nouă ediție abordează aceste noi evoluții; în special, există secțiuni privind:

- Eșantionarea căilor de tranziție și trecerea difuză a barierelor pentru simularea evenimentelor.

- Dinamica disipativă a particulelor ca tehnică de simulare în funcție de curs.

- Sisteme noi de calculare a forțelor de lungă distanță.

- Dinamica hamiltoniană și non-hamiltoniană în contextul simulărilor de dinamică moleculară la temperatură constantă și presiune constantă.

- Algoritmi cu mai multe etape temporale ca alternativă pentru constrângeri.

- Defecte în solide.

- Eșantionarea Rosenbluth îmbogățită prin tăiere, recul-creștere și rotații concertate pentru molecule complexe.

- Temperarea paralelă pentru Hamiltonieni sticloși.

Sunt incluse exemple care evidențiază aplicațiile actuale, iar codurile studiilor de caz sunt disponibile pe World Wide Web. Mai multe exemple noi au fost adăugate de la prima ediție pentru a ilustra aplicații recente. Întrebările sunt incluse în această nouă ediție. Nu se presupun cunoștințe prealabile de simulare pe calculator.