Mastering Python pentru bioinformatică: Cum să scrieți cod Python flexibil, documentat și testat pentru calculul de cercetare

Recenzii ale cititorilor

Cartea este o resursă cuprinzătoare pentru învățarea bioinformaticii, oferind exemple practice, o explicație completă a conceptelor și un accent pe abilitățile de dezvoltare software necesare bioinformaticienilor. Cu toate acestea, unele coduri furnizate în carte pot fi rupte, ceea ce poate împiedica progresul fără ajutor suplimentar.

⬤ Excelentă pentru învățarea bioinformaticii cu exemple practice din provocări reale.
⬤ Explicații detaliate ale raționamentului din spatele soluțiilor.
⬤ Discuții valoroase privind asamblarea programelor și utilizarea eficientă a datelor.
⬤ Include conținut privind testarea și documentarea în programare.
⬤ Potrivit pentru persoanele cu o anumită experiență în programare.

⬤ Unele exemple de cod sunt defecte, putând necesita ajutor extern pentru a fi reparate.
⬤ Poate să nu fie potrivit pentru începătorii în biologie sau programare fără cunoștințe anterioare.

(pe baza a 3 recenzii ale cititorilor)

Titlul original:

Mastering Python for Bioinformatics: How to Write Flexible, Documented, Tested Python Code for Research Computing

Conținutul cărții:

În prezent, oamenii de știință din domeniul vieții au nevoie urgentă de formare în domeniul bioinformaticii. Prea multe programe bioinformatice sunt scrise prost și abia întreținute, de obicei de către studenți și cercetători care nu au învățat niciodată abilități de programare de bază. Acest ghid practic arată profesioniștilor postdoc în bioinformatică și studenților cum să exploateze cele mai bune părți ale Python pentru a rezolva probleme în biologie, creând în același timp software documentat, testat și reproductibil.

Ken Youens-Clark, autorul cărții Tiny Python Projects (Manning), demonstrează nu numai cum să scrieți cod Python eficient, ci și cum să folosiți testele pentru a scrie și refactoria programe științifice. Veți învăța cele mai recente caracteristici și instrumente Python, inclusiv linters, formatters, type checkers și teste pentru a crea programe documentate și testate. De asemenea, veți aborda 14 provocări în Rosalind, o platformă de rezolvare a problemelor pentru a învăța bioinformatică și programare.

⬤ Creați programe Python de linie de comandă pentru a documenta și valida parametrii.

⬤ Scrieți teste pentru a verifica programele de refactorizare și a confirma că sunt corecte.

⬤ Aplicați idei bioinformatice folosind structuri de date Python și module precum Biopython.

⬤ Creați scurtături și fluxuri de lucru reproductibile utilizând makefiles.

⬤ Parsează formate de fișiere bioinformatice esențiale precum FASTA și FASTQ.

⬤ Găsiți modele de text utilizând expresii regulate.

⬤ Utilizați funcții de ordin superior în Python precum filter(), map() și reduce()