Perl începător pentru bioinformatică

Recenzii ale cititorilor

Cartea „Beginning Perl for Bioinformatics” este o resursă destinată predării programării Perl în special pentru cei din domeniul științelor biologice, în special bioinformatică. Cartea este concepută pentru începători fără experiență anterioară în programare și a primit reacții pozitive pentru explicațiile sale clare, exemplele practice și capacitatea de a demistifica conceptele de programare. Cu toate acestea, mai multe recenzii menționează că este posibil ca cartea să nu fie suficient de cuprinzătoare și ar putea fi depășită, ceea ce duce la potențiale probleme cu depanarea scripturilor.

⬤ Bine organizată și ușor de înțeles pentru începători.
⬤ Oferă o introducere ușoară în Perl cu aplicații practice în bioinformatică.
⬤ Include exemple clare și exerciții care sunt relevante pentru problemele biologice.
⬤ Învață eficient conceptele fundamentale de programare și expresiile regulate.
⬤ Foarte recomandată ca punct de plecare pentru biologii care doresc să învețe programare.

⬤ Unii utilizatori au considerat cartea prea elementară și nu suficient de profundă pentru cursanții mai avansați.
⬤ Mulți recenzenți au remarcat că este depășită, ceea ce poate duce la probleme cu depanarea scripturilor.
⬤ Unele exemple și explicații ar putea fi mai bune, în special pentru subiectele complexe.
⬤ Nu este potrivit pentru cei care au deja cunoștințe de Perl.

(pe baza a 47 recenzii ale cititorilor)

Titlul original:

Beginning Perl for Bioinformatics

Conținutul cărții:

Datorită capacității sale foarte dezvoltate de a detecta modele în date, Perl a devenit unul dintre cele mai populare limbaje pentru analiza datelor biologice. Dar dacă sunteți un biolog cu puțină sau deloc experiență în programare, începerea în Perl poate fi o provocare. Mulți biologi au dificultăți în a învăța cum să aplice limbajul la bioinformatică. Cele mai populare cărți de programare Perl sunt adesea prea teoretice și prea concentrate pe știința calculatoarelor pentru un biolog neprogramator care trebuie să rezolve probleme foarte specifice. Beginning Perl for Bioinformatics este concepută pentru a vă face să depășiți rapid bariera limbajului Perl prin abordarea programării ca o nouă abilitate importantă de laborator, dezvăluind programe și tehnici Perl care sunt imediat utile în laborator. Fiecare capitol se concentrează pe rezolvarea unei anumite probleme sau clase de probleme de bioinformatică, începând cu cele mai simple și crescând în complexitate pe măsură ce cartea progresează. Fiecare capitol include exerciții de programare și predă bioinformatica prin prezentarea și modificarea unor programe care tratează diverse tipuri de probleme biologice practice. Până la sfârșitul cărții veți avea o înțelegere solidă a noțiunilor de bază Perl, o colecție de programe pentru sarcini precum analiza BLAST și GenBank și abilitățile necesare pentru a vă ocupa de programarea bioinformatică mai avansată. Unele dintre capitolele ulterioare se concentrează mai detaliat pe subiecte specifice bioinformaticii.

Această carte este potrivită pentru a fi utilizată ca manual de clasă, pentru studiu individual și ca referință. Cartea acoperă: Bazele programării și lucrul cu secvențe și șiruri ADN.

Depanarea codului dumneavoastră.

Simularea mutațiilor genetice cu ajutorul generatoarelor de numere aleatorii.

Expresii regulate și găsirea motivelor în date.

Array-uri, hașuri și baze de date relaționale.

Expresii regulate și hărți de restricție.

Utilizarea Perl pentru analizarea înregistrărilor PDB, a adnotărilor din GenBank și a rezultatelor BLAST.