Protein Folding: Metode și protocoale

Titlul original:

Protein Folding: Methods and Protocols

Conținutul cărții:

1. Analiza mutațională a stărilor de tranziție de pliere a proteinelor: Valorile Phi.

Luis Alberto Campos.

2. Locuri de legare a metalelor proiectate pentru a sonda stările de tranziție ale plierii proteinelor: Analiza Psi.

Michael Baxa, Tobin R. Sosnick.

3. Interogarea specifică a structurii și stabilității proteinelor.

Debopreeti Mukherjee, Ismail A. Ahmed și Feng Gai.

4. Purificarea și manipularea chaperoninei GroEL.

Xiang Ye.

5. -Suprafețe de energie liberă de pliere din calorimetria diferențială de scanare.

Jose M. Sanchez-Ruiz și Beatriz Ibarra-Molero.

6. Cinetica rapidă de pliere utilizând metode de salt de temperatură induse de laser în nanosecunde.

Michele Cerminara.

7. Măsurarea plierii proteinelor în submillisecunde utilizând fluorescența Trp și oxidarea fotochimică.

David Witalka și Lisa J. Lapidus.

8. Metode de spectrometrie de masă cu schimb de hidrogen în stare nativă pentru sondarea plierii și desfășurării proteinelor.

Pooja Malhotra și Jayant B. Udgaonkar.

9. Analiza echilibrului multiprobe a proceselor de (dez)pliere graduală.

Ginka S. Kubelka și Jan Kubelka

10. Analiza Nmr a rețelelor de interacțiune pentru plierea proteinelor.

Eva de Alba.

11. Metode de dispersie a relaxării RMN pentru analiza structurală și dinamică a substatelor conformaționale rapid interconvertite și puțin populate.

V. N. Sivanandam, Nicola D'Amelio și Victor Muoz.

12. Metode de spectrometrie de masă cu schimb de hidrogen în stare nativă pentru a cerceta plierea și desfășurarea proteinelor.

Pooja Malhotra și Jayant B. Udgaonkar.

13. Abordări ale spectroscopiei de fluorescență cu moleculă unică pentru sondarea dinamicii și interacțiunilor biomoleculare rapide.

Zifan Wang, Nivin Mothi și Victor Muoz.

14. Teoria și analiza experimentelor FRET cu o singură moleculă.

Irina V. Gopich și Hoi Sung Chung.

15. Evoluția mecanochimică a legăturilor disulfură în proteine.

Jrg Schnfelder, Alvaro Alonso-Caballero și Raul Perez-Jimenez.

16. Simulări cu granulație grosieră ale plierii proteinelor: Crearea unei punți între teorie și experimente.

Vincius G. Contessoto, Vincius M. Oliveira și Vitor B. P. Leite.

17. Analiza simulărilor de dinamică moleculară a plierii proteinelor.

Robert B. Best.

18. Simulări atomistice ale desfășurării termice.

Angel E Garcia.

19. Simulări moleculare ale proteinelor cu dezordine intrinsecă și mecanismele lor de legare.

Xiakun Chu, Suhani Nagpal și Victor Muoz.

20. Predicția ratelor de pliere și despletire a proteinelor cu ajutorul unor modele simple.

David De Sancho și Victor Muoz.

21. Predicția și simularea efectelor mutaționale asupra cineticii de pliere a proteinelor.

Athi N. Naganathan.

22 Localizarea frustrării energetice în proteine.

A. Brenda Guzovsky, Nicholas P. Schafer, Peter G. Wolynes și Diego U. Ferreiro.

23. Modelarea structurii, dinamicii și transformărilor proteinelor cu câmpul de forță UNRES.

Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, P awel Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Agnieszka Karczyńska, Agnieszka Lipska, Emilia A. Lubecka, Ewa Golas, Tomasz Wirecki, Mariusz Makowski, Stanislaw Oldziej și Adam Liwo.