R Bioinformatics Cookbook - Ediția a doua: Utilizați pachetele R pentru bioinformatică, genomică, știința datelor și învățarea automată

Recenzii ale cititorilor

Cartea „R Bioinformatics Cookbook” este o resursă practică și cuprinzătoare care oferă cititorilor îndrumare practică prin peste 80 de rețete pentru analizarea datelor biologice cu R. Cartea acoperă o gamă largă de subiecte, de la configurarea mediului R la tehnici avansate de învățare automată. Deși este bine adaptată pentru utilizatorii intermediari și avansați, începătorii o pot considera o provocare din cauza cunoștințelor anterioare presupuse.

⬤ Rețete practice, la îndemână, pentru provocări bioinformatice din lumea reală.
⬤ Acoperă o gamă diversă de subiecte, inclusiv RNA-seq, analiza ChIP-seq și învățarea automată cu mlr
⬤ Include instrumente și cadre utile precum Bioconductor și ggplot2 pentru vizualizarea datelor.
⬤ Oferă un echilibru între conceptele fundamentale și tehnicile de ultimă oră.
⬤ Structura clară promovează înțelegerea și extensibilitatea codului R.

⬤ Presupune unele cunoștințe prealabile de R, ceea ce poate fi o provocare pentru începători.
⬤ Unii cititori sugerează că subiecte suplimentare precum cloud computing, deep learning și analiza celulelor unice ar putea îmbunătăți și mai mult cartea.
⬤ Informațiile dense îi pot copleși pe cei care nu au cunoștințe suficiente în domeniu.

(pe baza a 3 recenzii ale cititorilor)

Titlul original:

R Bioinformatics Cookbook - Second Edition: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning

Conținutul cărții:

Descoperiți peste 80 de rețete pentru modelarea și manipularea datelor biologice din viața reală folosind biblioteci moderne din ecosistemul R

Caracteristici principale:

⬤ Aplicați pachete R moderne pentru a procesa date biologice folosind exemple din lumea reală.

⬤ Reprezentați datele biologice cu vizualizări avansate și fluxuri de lucru potrivite pentru cercetare și publicații.

⬤ Soluționați probleme bioinformatice din lumea reală, cum ar fi transcriptomica, genomica și filogenetica.

⬤ Cumpărarea cărții tipărite sau Kindle include o carte electronică PDF gratuită.

Descrierea cărții:

A doua ediție actualizată a R Bioinformatics Cookbook adoptă o abordare bazată pe rețete pentru a vă arăta cum să efectuați cercetări și analize practice în biologia computațională cu R. Veți învăța cum să creați un mediu de lucru R util și modular, împreună cu încărcarea, curățarea și analiza datelor utilizând cele mai recente instrumente Bioconductor, ggplot2 și tidyverse.

Această carte vă va ghida prin instrumentele Bioconductor necesare pentru a înțelege și a realiza protocoale în RNA-seq și ChIP-seq, filogenetică, genomică, căutarea genelor, adnotarea genelor, analiza statistică și analiza secvențelor. Pe măsură ce avansați, veți afla cum să utilizați Quarto pentru a crea rapoarte, prezentări și site-uri web bogate în date, precum și pentru a înțelege clar modul în care tehnicile de învățare automată pot fi aplicate în domeniul bioinformaticii. Capitolele finale vă vor ajuta să vă dezvoltați competența în competențe-cheie, cum ar fi analiza adnotării genelor și programarea funcțională în purrr și R de bază. În cele din urmă, veți descoperi cum să utilizați cele mai recente instrumente de inteligență artificială, inclusiv ChatGPT, pentru a genera, edita și înțelege codul R și pentru a elabora fluxuri de lucru pentru analize complexe.

Până la sfârșitul acestei cărți, veți fi dobândit o înțelegere solidă a abilităților și tehnicilor necesare pentru a deveni un specialist în bioinformatică și pentru a lucra eficient cu seturi de date bioinformatice mari și complexe.

Ce veți învăța:

⬤ Configurarea unui mediu de lucru pentru analiza bioinformatică cu R.

⬤ Importați, curățați și organizați datele bioinformatice utilizând tidyr.

⬤ Crearea de diagrame, rapoarte și prezentări de calitate pentru publicare utilizând ggplot2 și Quarto.

⬤ Analizați RNA-seq, ChIP-seq, genomică și genetică de generație următoare cu Bioconductor.

⬤  Căutați gene și proteine prin filogenetică și adnotarea genelor.

⬤ Aplicați tehnici ML datelor bioinformatice utilizând mlr3.

⬤ Streamline programmatic work using iterators and functional tools in the base R and purrr packages.

⬤ Utilizați ChatGPT pentru a crea, adnota și depana codul și fluxurile de lucru.

Pentru cine este această carte:

Această carte se adresează bioinformaticienilor, analiștilor de date, cercetătorilor și dezvoltatorilor R care doresc să abordeze probleme biologice și bioinformatice de nivel intermediar-avansat prin învățarea prin intermediul unei abordări bazate pe rețete. Cunoștințele de lucru ale limbajului de programare R și cunoștințele de bază de bioinformatică sunt condiții prealabile.