Rețele de interacțiune proteină-proteină: Metode și protocoale

Titlul original:

Protein-Protein Interaction Networks: Methods and Protocols

Conținutul cărții:

Acest volum explorează tehnici care studiază interacțiunile dintre proteine în diferite specii și le combină cu date specifice contextului, analiza seturilor de date omics și asamblarea interacțiunilor individuale în unități semantice de ordin superior, adică complexe proteice și module funcționale. Capitolele din această carte acoperă metode computaționale care rezolvă sarcini diverse, cum ar fi predicția interacțiunilor funcționale proteină-proteină.

Compararea bazată pe aliniere a rețelelor de interacțiune prin SANA.

Utilizarea serverului web RaptorX-ComplexContact pentru prezicerea contactelor reziduu-residuu interproteice.

Conectarea confirmărilor alternative ale proteinelor care participă la interacțiuni binare și selectarea ghidată vizual a unui model de conectare utilizând COZOID.

Detectarea de noi unități funcționale prin KeyPathwayMiner și modul în care PathClass poate utiliza astfel de căi de novo pentru a clasifica subtipurile de cancer mamar. Scrise în formatul seriei de mare succes Methods in Molecular Biology, capitolele includ introduceri la subiectele respective, liste de hardware și software necesare, protocoale de calcul pas cu pas, ușor de reprodus și sfaturi privind depanarea și evitarea capcanelor cunoscute.

De ultimă oră și cuprinzătoare, Rețele de interacțiune proteină-proteină: Metode și protocoale este o resursă valoroasă atât pentru cercetătorii începători, cât și pentru cei experți, care sunt interesați să afle mai multe despre acest domeniu în continuă evoluție.