Bioinformatics with Python Cookbook - Ediția a doua: Aflați cum să utilizați bibliotecile și aplicațiile moderne de bioinformatică Python pentru a face cercetare de ultimă oră

Recenzii ale cititorilor

Cartea oferă instrucțiuni detaliate, pas cu pas, privind proiectele bioinformatice care utilizează Python, destinate cititorilor cu anumite cunoștințe anterioare. Cu toate acestea, nu este potrivită pentru începători din cauza cunoștințelor presupuse și a problemelor legate de codul învechit.

Instrucțiuni perspicace și detaliate privind proiectele avansate de bioinformatică. Bun pentru cititorii cu cunoștințe în bioinformatică și Python. Acoperă aplicații de ultimă oră în Biopython.

Presupune cunoștințe anterioare în Python și bioinformatică, ceea ce îl face nepotrivit pentru începători. Codul este învechit și unele biblioteci utilizate nu mai sunt accesibile. Probleme cu starea cărții la livrare.

(pe baza a 4 recenzii ale cititorilor)

Titlul original:

Bioinformatics with Python Cookbook - Second Edition: Learn how to use modern Python bioinformatics libraries and applications to do cutting-edge rese

Conținutul cărții:

Descoperiți biblioteci de secvențiere moderne, de generație următoare din ecosistemul Python pentru a analiza cantități mari de date biologice

Caracteristici principale

⬤ Efectuați analize bioinformatice complexe utilizând cele mai importante biblioteci și aplicații Python.

⬤ Implementați secvențierea de generație următoare, metagenomica, automatizarea analizelor, genetica populației și multe altele.

⬤ Explorați diverse tehnici statistice și de învățare automată pentru analiza datelor bioinformatice.

Descrierea cărții

Bioinformatica este un domeniu de cercetare activ care utilizează o serie de calcule simple până la avansate pentru a extrage informații valoroase din datele biologice.

Această carte acoperă secvențierea de generație următoare, genomica, metagenomica, genetica populației, filogenetica și proteomica. Veți învăța tehnici moderne de programare pentru a analiza cantități mari de date biologice. Cu ajutorul exemplelor din lumea reală, veți converti, analiza și vizualiza seturi de date utilizând diverse instrumente și biblioteci Python.

Această carte vă va ajuta să obțineți o mai bună înțelegere a lucrului cu un server Galaxy, care este cel mai utilizat sistem de conducte bioinformatice bazat pe web. Această ediție actualizată include, de asemenea, tehnici avansate de filtrare a secvențierii de generație următoare. Veți explora, de asemenea, subiecte precum descoperirea SNP utilizând abordări statistice sub cadre de calcul de înaltă performanță, cum ar fi Dask și Spark.

La sfârșitul acestei cărți, veți fi capabil să utilizați și să implementați tehnici și cadre de programare moderne pentru a face față avalanșei tot mai mari de date bioinformatice.

Ce veți învăța

⬤ Învățați cum să procesați seturi mari de date de secvențiere de generație următoare (NGS).

⬤ lucrați cu seturi de date genomice utilizând formatele FASTQ, BAM și VCF.

⬤ Învățați să efectuați compararea secvențelor și reconstrucția filogenetică.

⬤ Efectuați analize complexe cu date protemice.

⬤ Utilizați Python pentru a interacționa cu serverele Galaxy.

⬤ Utilizați tehnici de calcul de înaltă performanță cu Dask și Spark.

⬤ Vizualizați interacțiunile seturilor de date proteice utilizând Cytoscape.

⬤ Utilizați PCA și arbori de decizie, două tehnici de învățare automată, cu seturi de date biologice.