Bioinformatics with Python Cookbook - Ediția a treia: Utilizați biblioteci și aplicații Python moderne pentru a rezolva probleme de biologie computațională din lumea reală

Recenzii ale cititorilor

Cartea privind bioinformatica cu Python este lăudată pentru acoperirea cuprinzătoare și îndrumările practice atât pentru începători, cât și pentru utilizatorii experimentați. Cu toate acestea, are probleme semnificative, inclusiv exemple de cod problematice și o calitate slabă a imprimării, care îi diminuează valoarea ca referință.

⬤ Acoperire cuprinzătoare a subiectelor bioinformatice și considerații privind managementul proiectelor.
⬤ Exerciții practice excelente pentru sarcini bioinformatice din viața reală.
⬤ Bun atât pentru începători, cât și pentru utilizatorii experimentați, cu instrumente și subiecte actualizate.
⬤ Oferă resurse și îndrumări utile pentru dezvoltarea abilităților Python în bioinformatică.

⬤ Multe exemple de cod nu funcționează sau sunt învechite, ducând la frustrare.
⬤ Calitate slabă a imprimării, cu pagini tipărite greșit și ilustrații alb-negru.
⬤ Unii utilizatori au considerat explicațiile neclare și nefolositoare în comparație cu alte resurse.

(pe baza a 10 recenzii ale cititorilor)

Titlul original:

Bioinformatics with Python Cookbook - Third Edition: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems

Conținutul cărții:

Descoperiți biblioteci de secvențiere moderne, de generație următoare, din ecosistemul puternic Python pentru a efectua cercetări de ultimă oră și pentru a analiza cantități mari de date biologice

Caracteristici principale:

⬤ Efectuați analize bioinformatice complexe utilizând cele mai esențiale biblioteci și aplicații Python.

⬤ Implementați secvențierea de generație următoare, metagenomica, automatizarea analizelor, genetica populației și multe altele.

⬤ Explorați diverse tehnici statistice și de învățare automată pentru analiza datelor bioinformatice.

Descrierea cărții:

Bioinformatica este un domeniu de cercetare activ care utilizează o serie de calcule de la simple la avansate pentru a extrage informații valoroase din datele biologice, iar această carte vă va arăta cum să gestionați aceste sarcini utilizând Python.

Această a treia ediție actualizată a Bioinformatics with Python Cookbook începe cu o prezentare generală rapidă a diferitelor instrumente și biblioteci din ecosistemul Python care vă vor ajuta să convertiți, să analizați și să vizualizați seturi de date biologice. În continuare, veți acoperi tehnici cheie pentru secvențierea de generație următoare, analiza celulelor unice, genomică, metagenomică, genetica populațiilor, filogenetică și proteomică cu ajutorul unor exemple din lumea reală. Veți învăța cum să lucrați cu sisteme de conducte importante, cum ar fi serverele Galaxy și Snakemake, și veți înțelege diferitele module din Python pentru programarea funcțională și asincronă. Această carte vă va ajuta, de asemenea, să explorați subiecte precum descoperirea SNP utilizând abordări statistice în cadrul unor cadre de calcul de înaltă performanță, inclusiv Dask și Spark. În plus față de aceasta, veți explora aplicarea algoritmilor de învățare automată în bioinformatică.

Până la sfârșitul acestei cărți Python bioinformatică, veți fi echipat cu cunoștințele necesare pentru a implementa cele mai recente tehnici și cadre de programare, permițându-vă să vă ocupați de datele bioinformatice la orice scară.

Ce veți învăța:

⬤ Să se familiarizeze cu bibliotecile de prelucrare a datelor, cum ar fi NumPy, pandas, arrow și zarr, în contextul analizei bioinformatice.

⬤ Interacționați cu baze de date genomice.

⬤ rezolvarea de probleme reale în domeniile geneticii populațiilor, filogeneticii și proteomicii.

⬤ Construirea de conducte bioinformatice utilizând un server Galaxy și Snakemake.

⬤ Lucrați cu functools și itertools pentru programare funcțională.

⬤ Efectuarea de prelucrări paralele cu Dask pe date biologice.

⬤ Explorați tehnicile de analiză a componentelor principale (PCA) cu scikit-learn.

Pentru cine este această carte:

Această carte se adresează analiștilor bioinformatici, oamenilor de știință de date, biologilor computaționali, cercetătorilor și dezvoltatorilor Python care doresc să abordeze probleme biologice și bioinformatice de nivel intermediar spre avansat. Se așteaptă cunoștințe de lucru ale limbajului de programare Python. Cunoștințele de bază de biologie vor fi, de asemenea, utile.